Description du poste
INSTITUT DE RECHERCHE DU CUSM
L'Institut de recherche du Centre universitaire de santé McGill (IR-CUSM) est un centre de recherche de réputation mondiale dans le domaine des sciences biomédicales et des soins de santé. Établi à Montréal, au Québec, l'Institut constitue la base de recherche du Centre universitaire de santé McGill (CUSM), centre hospitalier universitaire affilié à la Faculté de médecine de l'Université McGill. L'IR-CUSM est financé en partie par le Fonds de recherche du Québec - Santé (FRQS).
Sommaire du poste
La Plateforme de protéomique et d’analyse moléculaire, au sein du Centre de biologie translationnelle du RI-MUHC, est une infrastructure spécialisée qui soutient près de 100 chercheurs en biomédecine fondamentale, cliniciens-chercheurs et partenaires industriels. Elle offre une gamme complète de services, allant du profilage rapide de biomarqueurs à une caractérisation approfondie du protéome.
La plateforme s’appuie sur des équipements de pointe et des flux de travail automatisés, notamment l’Orbitrap Astral Zoom, l’Evosep ENO et le système de manipulation de liquides Beckman i5. Ces capacités sont soutenues par des pipelines nDIA modernes, des analyses assistées par l’intelligence artificielle et une infrastructure intégrée pour le traitement des échantillons.
Nous sommes à la recherche d’un(e) scientifique hautement qualifié(e) en protéomique et bio-informatique pour contribuer à la fois à l’orientation scientifique et aux activités opérationnelles de la plateforme. Ce rôle combine une expertise avancée en bio-informatique avec une solide expérience pratique des flux de travail en protéomique basés sur la LC-MS/MS, dans un environnement de plateforme à haut débit. La personne retenue relèvera du gestionnaire de la plateforme et travaillera en étroite collaboration avec le directeur ainsi qu’avec l’ensemble de l’équipe.
Fonctions et attributions
Services aux clients et leadership scientifique
- Assurer les interactions avec les clients, incluant la conception expérimentale (notamment les stratégies LC-MS/MS), la planification des projets, l’analyse et l’interprétation des données, ainsi que la présentation des résultats,
- Offrir un encadrement technique et du mentorat aux chercheurs, stagiaires et collaborateurs,
- Contribuer au développement et à l’expansion des services de protéomique de la plateforme,
- Participer aux initiatives de développement des affaires en soutenant les interactions avec des clients académiques, cliniques et industriels,
- Contribuer à la préparation de propositions, de descriptions de projets et de présentations,
Infrastructure en bio-informatique et développement de pipelines
- Concevoir, développer et maintenir l’infrastructure en bio-informatique soutenant des flux de travail intégrés,
- Développer et maintenir des pipelines pour les données DIA et DDA à l’aide d’outils tels que FragPipe, DIA-NN et Monash Analyst Suite,
- Mettre en place des procédures d’assurance et de contrôle qualité (QA/QC) ainsi que des systèmes de suivi des données pour les services basés sur le nDIA,
- Évaluer et intégrer, lorsque pertinent, de nouveaux outils computationnels et basés sur l’IA,
Flux de travail en LC-MS/MS et protéomique
- Apporter une expertise en conception expérimentale LC-MS/MS, en stratégies d’acquisition (DIA/DDA) et en optimisation des flux de travail en protéomique,
- Collaborer avec l’équipe de laboratoire pour optimiser la préparation des échantillons, la chromatographie et la performance des instruments afin d’assurer des données de haute qualité,
- Contribuer au développement de méthodes et à la mise en œuvre d’approches LC-MS/MS avancées (p. ex. nDIA, flux à haut débit, profilage approfondi du protéome),
- Soutenir le dépannage des expériences LC-MS/MS et veiller à la qualité des données à travers les projets,
- Se tenir à jour quant aux technologies émergentes et aux meilleures pratiques en protéomique basée sur la spectrométrie de masse,
Recherche et diffusion des connaissances
- Participer à la rédaction scientifique, incluant publications et demandes de subventions,
- Contribuer aux activités de formation et au soutien des utilisateurs,
Opérations de la plateforme
- Collaborer avec l’équipe de laboratoire pour assurer l’alignement entre le traitement des échantillons et l’analyse des données,
- Effectuer des tâches de préparation d’échantillons au besoin,
- Contribuer à la coordination des activités de la plateforme, incluant la planification et le suivi des projets,
- Participer à l’amélioration continue des flux de travail LC-MS/MS, du débit et de la qualité des données, en lien avec les objectifs de croissance de la plateforme,
- Effectuer toute autre tâche connexe confiée par le gestionnaire de la plateforme.
Site web de l’organisation
https://rimuhc.ca/fr
Coup d'oeil video
Éducation/Expérience
Éducation: Doctorat
Domaine d'étude: Protéomique, bio-informatique, biologie computationnelle ou discipline connexe
Expérience de travail: 5 ans et plus
Compétences requises
- Une connaissance avancée du français oral et écrit est requise.
- Une connaissance avancée de l’anglais oral et écrit est requise puisque le poste requiert un contact régulier et complexe auprès de patient.e.s, de chercheuses et chercheurs ou d’étudiantes et d’étudiants internationaux qui maîtrisent exclusivement l’anglais.
- Minimum de 5 ans d’expérience pertinente en protéomique, bio-informatique et/ou flux de travail LC-MS/MS (postdoctorat ou expérience équivalente),
- Solide expérience en analyse de données protéomiques, en particulier avec les approches DIA,
- Maîtrise de R et/ou Python,
- Expérience avec des outils tels que FragPipe et DIA-NN,
- Connaissance des instruments Thermo Orbitrap,
- Excellente expérience pratique des flux de travail LC-MS/MS,
- Bonne connaissance des environnements Linux et Windows,
- Excellentes aptitudes en communication et en organisation,
- Capacité à travailler de manière autonome et en équipe.
o Expérience avec des approches en IA/AA,
o Connaissance du milieu de la recherche clinique,
o Expérience avec des outils de gestion de flux de travail tels que Docker, Nextflow ou Snakemake,
o Expérience préalable dans une plateforme de services,
o Expérience avec des systèmes automatisés de préparation d’échantillons.
Information additionnelle
Statut : Temporaire à temps plein (semaine de 35 heures)
Échelle de rémunération : 63,954.80$- 118,718.60$. En fonction de l'éducation et de l'expérience de travail.
Horaire de travail : Lundi au vendredi 8h à 16h.
Site de travail: Site Glen. 1001 boul Décarie
***
Si vous désirez inclure une lettre de motivation, veuillez la joindre à votre curriculum vitae en un seul document. ***
Pourquoi travailler avec nous?
- 4 semaines de vacances, une 5e semaine après 5 ans
- Banque de 12 congés payés (congés personnels et pour cause de maladie ou raisons familiales),
- 13 jours fériés payés,
- Régime d'assurance collective modulaire (incluant une garantie pour l'affirmation de genre),
- Télémédecine,
- Régime de retraite gouvernemental (RREGOP) à prestations déterminées, régime garanti,
- Opportunités de formation et de développement professionnel,
- Garderie sur les lieux de travail,
- Rabais corporatif (OPUS + Perkopolis),
- Tarif mensuel compétitif pour le stationnement,
- Programme d'aide aux employés,
- Programme de reconnaissance,
- Possibilité de travail flexible et plus encore!
https://rimuhc.ca/fr/careers
Pour en savoir plus sur nos avantages sociaux, SVP visitez http://rimuhc.ca/fr/compensation-and-benefits
LE POSTE AFFICHÉ N’EST PAS UN POSTE D’HÔPITAL
Programme d'accès à l'égalité en emploi
L'Institut de recherche du Centre universitaire de santé McGill embauche sur la base du mérite et s'engage fermement à respecter l'équité, la diversité et l'inclusion au sein de sa communauté. Nous accueillons les candidatures de tous les candidats qualifiés qui s'identifient comme membres de groupes racialisés / minorités visibles, femmes, personnes autochtones, personnes handicapées, minorités ethniques et personnes 2SLGBTQIA+. Nous accueillons également les candidats qui possèdent les compétences et les connaissances nécessaires pour s'engager de manière productive auprès de diverses communautés. Les personnes handicapées qui prévoient avoir besoin de mesures d'adaptation pour toute partie du processus de candidature peuvent contacter, en toute confidentialité, [email protected]
